报告题目：Large Scale 3D Chromatin Reconstruction From Chromosomal Contacts
（从染色体接触重建大规模3D染色质）
报告人：李帅成教授
• 1997-2001:新加坡国立大学，计算机系，荣誉学士；
• 2001-2002: 2001年被邀请加入国立大学“加速硕士项目”，于2002年获得完成硕士学位；
• 2002-2004：担任国立大学数据库实验室的研究助理，主要从事序列比对研究；
• 2004-2009：在加拿大滑铁卢大学李明教授实验室从事蛋白质结构研究。博士毕业后，被滑铁卢大学颁发杰出表现奖；
• 2009-2011：加州大学伯克利分校博士后，从事蛋白质结构及其他生物信息问题的研究；
• 2011-至今：香港城市大学教授，目前的研究兴趣包括生物信息学、算法和机器学习等。
会议时间：2019年7月10日10:30
会议地点：友谊校区图书馆研修间513
会议主持：尚晓娅、卢慧甍副教授
内容简介：从染色体接触重建大规模3D染色质
空间折叠可以使沿着核苷酸序列的两个远距离的基因接触。识别这些接触对于了解基因的活动很重要。在过去的十年中，这推动了诸如hi-c等方法的提出，以检测远程交互。通过应用距离几何技术从Hi-C数据推断染色体三维结构，人们可以进一步获得对接触的了解，Chromsde和Shrec3d等算法已经证明了这一点。
然而，基于矩阵算法的数据集消耗了太多空间和时间。一个涉及了大约30000个位点的100kb碱基分辨率的人类基因组，需要千兆字节来存储这个数据。在这项工作中，我们提出了一个距离矩阵的简洁表示方法，极大地减少了空间的消耗。
我们通过求解大规模加权多维尺度问题，给出了一个完整的解决方案，称为SuperRec，用于从Hi-C数据推断染色体结构。SuperRec比以前的系统运行速度更快，而且不会影响结果的准确性。使用SuperRec，我们能够以比现有方法快400倍的速度重建30,000个基因座的结构：SuperRec花费了43分钟重建结构，而ShRec3D则花费了13天。
